Unter dem Begriff "Ablauf" oder "Programm" versteht die wakeboX einen Fahrplan, der beschreibt, welche Aktionen wie und wann ausgeführt werden sollen. Das "Wann" ist eine relative Zeitangabe in Sekunden.

Das Besondere an einem Programm der wakeboX ist die Tatsache, dass es nicht nur die Steuerungsaktoren der Haussteuerungskomponenten beinhalten kann, sondern auch alle Parameter der internen Audiosteuerung. Dies ist der eigentliche Clou der wakeboX, der elementare Grund, warum sie gebaut wurde.

Die wakeboX verwaltet theoretisch beliebig viele virtuelle Abspielgeräte für Programme, wobei eines davon der sogenannte Vordergrundplayer ist. Er wird für alle Automationspozesse angewandt, welche zu nicht regelmäßigen Zeitpunkten stattfinden, das Aufstehen am Morgen betreffen und in der Regel auch manuell ausgelöst werden. Er besitzt die Eigenschaft, dass beim Laden eines neuen Programmes, das vorher geladene gestoppt wird. Die Existenz dieses Vordergrundplayers ist von elementarer Bedeutung, da zeitgleich laufende Programme Konflikte auslösen können.

Dennoch kann die wakeboX auch automatisierte Prozesse im Hintergrund übernehmen, die ununterbrochen laufen können. Zu diesen besonderen Automationen zählt zum Beispiel die regelmäßig stattfindende Beleuchtung für Pflanzen.